Fueron enemigos durante años. En su época de atleta, Natalia Ducó huía de los oficiales de la Comisión Nacional de Control del Dopaje e incluso su entrenadora, la cubana Dulce Margarita García, llegó a enfrentarse a gritos con ellos en las dependencias del CAR (hecho por el cual fue sancionada). Hoy, como ministra, debe asumir los convenios del estadio chileno, entre ellos el financiamiento, del CNCD, que depende de la AMA (Agencia Mundial Antidopaje). En esa instancia, Natalia Ducó visitó el jueves las dependencias de la Comisión que funcionan al interior del Estadio Nacional.
La visita apenas fue informada por los medios y tuvo una breve mención en la página Instagram del Mindep. donde se señaló que la visita tenía "el objetivo de conocer de cerca sus procesos opertativos, recorrer instalaciones y saludar a sus funcionarios. Esto con el fin de generar alizanzas y trabajar de manera coordinada en las materias que competen a ambas instituciones".
El 5 de julio de 2018 Natalia Ducó fue sancionada con tres años de suspensión y el borrado de los registros de su último récord chileno de bala (19.02 metros), luego que la misma CNDC detectara en su organismo la hormona de crecimiento GHRP-6. Ella siempre negó su responsabilidad, pero el 23 de enero de este año, cuando fue nombrada ministra, el ex secretario ejecutivo de la comisión entre 2014 y 2014, Roberto Dagnino Batarce, escribió una potente columna en el medio digital El Ágora donde no dejaba dudas del alto nivel de elaboración y complejidad que tuvo entonces el dopaje de Ducó:
"La sustancia prohibida cuya presencia dio lugar a la infracción fue un péptido liberador de la hormona del crecimiento (GHRP-6). Es una sustancia experimental con venta estrictamente prohibida al público, que sólo puede ser utilizada con fines experimentales por laboratorios farmacéuticos y de investigación. Lo anterior implicó que su adquisición por parte de la deportista mencionada fue ilegal y tuvo fines de dopaje. Su consumo esencial fue para estimular procesos de recuperación. Esta sustancia liberadora de la hormona de crecimiento se incluyó en la Clase S2.2. y sigue apareciendo en la Lista de Prohibiciones de la Agencia Mundial Antidopaje (AMA)".
Entre las funciones de Natalia Ducó como ministra está representar al Estado de Chile en la Conferencia de las Partes (COP) de la Convención Internacional contra el Dopaje en el Deporte. Chile ratificó esta convención el 2011 en el primer gobierno del presidente Sebastián Piñera.