El Consejo de Presidentes de Clubes realizó un cambio en el sistema tras la propuesta presentada por la ANFP. La modificación fue básicamente sobre los grupos, pero se mantuvo la decisión de ubicar a los equipos según sus posiciones en la pasada temporada.
De esta forma (1° Grupo A, 2° en el Grupo B, 3° en el C, 4° en el D, 5° en la segunda fila del Grupo D, 6° en el C y así respectivamente). Es por eso que Colo Colo, pese a su popularidad no fue contemplado como un cabeza de serie.
Los únicos cambios al final fueron los enroques entre Huachipato y Unión La Calera y Deportes Limache con Huachipato.
De esta forma la Primera Edición de la Copa de la Liga será así:
Grupo A
Coquimbo Unido
Colo Colo
Huachipato
Deportes Concepción
Grupo B
Universidad Católica
Cobresal
Ñublense
Universidad de Concepción
Grupo C
O'Higgins
Palestino
Deportes Limache
Everton
Grupo D
Universidad de Chile
Audax Italiano
Unión La Calera
Deportes La Serena